大蒜菌核病以预防为主，合理轮作、注意开沟排湿，增施有机肥。定植前用20%甲基立枯磷配成药土耙入土中，每667m²用药0.5kg对细土20kg拌匀；种子用50℃温水浸种10分钟，即可杀死菌核。
1.最好种2-3年大蒜轮作1年小麦。
2.选取健康无病的大蒜留种。
3.收获后及时清除大蒜病株残体，带出田外深埋。
4.适时播种，合理密植，施足底肥。
5.秋种时选用77%多宁可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、70%甲基托布津可湿性粉剂等，按种子量的0.3%兑水适量均匀喷洒种子，闷种5小时，晾干后播种。
6.发病初期用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、40%菌核净可湿性粉剂800倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂喷雾防治，重点喷茎基部，隔7-10天喷1次，连续防治2-3次，效果更佳。
合理轮作、清洁田园、选用抗耐病品种、做好种子处理、喷施海岛素提高免疫力预防病虫害。
